Vectores de Gran tamaño en C.

[aguml]

Ese scanf cambia el valor de i que es la variable que controla el final del primero de los tres bucles y que está cambiándola por algún valor que obtiene del buffer de entrada y si no le indicas nada y lo coge sin más a saber que valor coje. No se exactamente que quieres hacer con ese trozo de codigo que te está dando el problema.