Cita:
Iniciado por txetxaki 
Esto es un problema pero tampoco me preocupa mucho ya que la página lleva 3-4 meses, mejor es esto que dejar los links antiguos digo yo
Con 3 o 4 meses coincido en que no pierdes gran cosa.
Cita:
Iniciado por txetxaki Y esto te penaliza mucho google? hay algo que pueda hacer? como borrar las url de los indices de google?
Sí, desde la Search Console (las antiguas Herramientas para Webmasters de Google) puedes eliminarlas.
No es penalización literalmente, pero de lógica si una web tiene miles de urls que no existen costará que Google valore correctamente el sitio.