ej codigo js debe estar en la misma pagina node estan los input, el php debe estar aparte, es decir, por ejemplo calculo.php y la libreria jquery la llamas de esta manera:
Cita: <script src="https://code.jquery.com/jquery-2.0.2.min.js"></script>
en relacion a la ruta, esta es donde esta guardado tu archivo php, ejemplo calculos/calculo.php, preferiblemente deberias de guardarlo en el mismo directorio de la pagina, y los codigo js no se visualizan en pantalla salvo que los esceribas mal o esten mal encerrados en sus etiquetas