¿Buffer de entrada en modo binario?

[aguml]

No veo la manera de hacerlo. He estado intentando usar unsigned char*, wstring, freopen para abrir el buffer de entrada en modo binario y luego leer con read en binario,... y nada.
El codigo lo tengo ahora mismo asi:
Parte 1:

Código C++:

//---------------------------------------------------------------------------
 
#include <iostream>
#include <cstdlib>
#include <fstream>
 
string CesarEncriptText(string entrada, int desplazamiento);
string CesarDecriptText(string entrada, int desplazamiento);
int CesarEncriptFile(char *nameFileIn, int desplazamiento, char *nameFileOut);
int CesarDecriptFile(char *nameFileIn, int desplazamiento, char *nameFileOut);
void OpcionEncriptFile();
void OpcionDecriptFile();
 
string Letras="ABCDEFGHIJKLMNÑOPQRSTUVWXYZabcdefghijklmnñopqrstuvwxyz1234567890ÁÉÍÓÚáéíóúÜü \".,:;-+*/=\\_<>¡!¿?|@#$%&()[]{}\'^ºª";
//---------------------------------------------------------------------------
 
int main(int argc, char* argv[])
{
   char aux[1024];
   string desencriptado;
   string encriptado;
   int op,salir=0,volver=0,rotacion;
 
   do{
      cout << "Cifrado/Descifrado Cesar" << endl;
      cout << "------------------------" << endl;
      cout << "1.Texto" << endl;
      cout << "2.Archivo" << endl;
      cout << "3.Salir" << endl;
      cout << "Elige una opcion: ";
      cin >> op;
      cin.clear();
 
      // Ignore to the end of file
      //cin.ignore(std::numeric_limits<std::streamsize>::max());
 
      // Ignore to the end of line
      cin.ignore(std::numeric_limits<std::streamsize>::max(), '\n');
 
      switch(op){
         case 1:
            do{
               system("CLS");
               cout << "Cifrado/Descifrado de texto con cifrado Cesar" << endl;
               cout << "---------------------------------------------" << endl;
               cout << "1.Encriptar texto" << endl;
               cout << "2.Desencriptar texto" << endl;
               cout << "3.Volver" << endl;
               cout << "Elige una opcion: ";
               cin >> op;
               cin.clear();
 
               // Ignore to the end of line
               cin.ignore(std::numeric_limits<std::streamsize>::max(), '\n');
 
               switch(op){
                  case 1:
                     cout << "Introduce el texto a encriptar: ";
                     cin.getline(aux,1023,'\n');
                     desencriptado=aux;
                     cout << "Introduce el desplazamiento: ";
                     cin >> rotacion;
 
                     // Ignore to the end of line
                     cin.ignore(std::numeric_limits<std::streamsize>::max(), '\n');
 
                     if((encriptado=CesarEncriptText(desencriptado,rotacion)) != ""){
                        cout << "Encriptado finalizado satisfactoriamente" << endl;
                        cout << "Encriptado queda: " << encriptado << endl;
                     }else{
                        cout << "Caracteres no validos en el texto a encriptar" << endl;
                     }
                     cin.get();
                     break;
                  case 2:
                     cout << "Introduce el texto a desencriptar: ";
                     cin.getline(aux,1023,'\n');
                     encriptado=aux;
                     cout << "Introduce el desplazamiento: ";
                     cin >> rotacion;
 
                     // Ignore to the end of line
                     cin.ignore(std::numeric_limits<std::streamsize>::max(), '\n');
 
                     if((desencriptado=CesarDecriptText(encriptado,rotacion)) != ""){
                        cout << "Encriptado finalizado satisfactoriamente" << endl;
                        cout << "Desencriptado queda: " << desencriptado << endl;
                     }else{
                        cout << "Caracteres no validos en el texto a desencriptar" << endl;
                     }
                     cin.get();
                     break;
                  case 3:
                     volver=1;
                     break;
                  default:
                     cout << "Opcion no valida. Pulsa intro y vuelve a intentarlo" << endl;
                     cin.get();
               }
            }while(volver==0);
            cin.get();
            system("CLS");
            break;
 
         case 2:
            do{
               system("CLS");
               cout << "Cifrado/Descifrado de archivo con cifrado Cesar" << endl;
               cout << "-----------------------------------------------" << endl;
               cout << "1.Encriptar archivo" << endl;
               cout << "2.Desencriptar archivo" << endl;
               cout << "3.Volver" << endl;
               cout << "Elige una opcion: ";
               cin >> op;
               cin.clear();
 
               // Ignore to the end of line
               cin.ignore(std::numeric_limits<std::streamsize>::max(), '\n');
 
               switch(op){
                  case 1:
                     OpcionEncriptFile();
                     cin.get();
                     break;
                  case 2:
                     OpcionDecriptFile();
                     cin.get();
                     break;
                  case 3:
                     volver=1;
                     break;
                  default:
                     cout << "Opcion no valida. Pulsa intro y vuelve a intentarlo" << endl;
                     cin.get();
               }
            }while(volver==0);
            system("CLS");
            break;
 
         case 3:
            salir=1;
            break;
 
         default:
            cout << "Opcion no valida" << endl;
      }
   }while(salir == 0);
   return 0;
}