Pues el problema real es ese, si ejecutas un proceso largo desde web es natural que impida el acceso normal a otros usuarios: en definitiva una mala practica.
Lo correcto es que dichas operaciones las hagas con un proceso del sistema, no desde la web, para que así no molestes a nadie.
Te sugiero investigar más acerca de CRONjobs en sistemas *nix o tareas programadas si usas Windows.