Podrian ayudarme con esta base de datos?

[gnzsoloyo]

Esto no se necesita porque ese campo ya es PRIMARY KEY, y por definición una PK es siempre única: .

Código MySQL:

UNIQUE INDEX `idempresa_UNIQUE` (`idempresa` ASC))
 

Lo mismo vale para:

Código MySQL:

UNIQUE INDEX `idstockEmpresa_UNIQUE` (`idstockEmpresa` ASC),
 

Estos indices son irrelevantes, porque ya existen las FK:

Código MySQL:

INDEX `fk_stockEmpresa_empresa_idx` (`empresa_idempresa` ASC),
  INDEX `fk_stockEmpresa_producto1_idx` (`producto_idproducto` ASC),
 

Hay mucha tela más para cortar, pero todo sería a explicar siempre y cuando hayas estudiado formalmente los fundamentos del modelo relacional.
Para darte una idea, ai la empresa tiene RUT y el RUT es único, no tiene sentido hacer un campo ID autoincremental. Sólo agrega valores, sin aportar nada al modelo.
Pero, como dije, dependerá de tu formación de estudios...