Error en carpeta /config, google ya no indexa mi sitio

[ja_rule]

Hola de nuevo Srs. foreros

Parece que ya he solucionado el problema aunque creo que no ha sido de la mejor manera, he borrado el .htaccess de la carpeta /config y a través del Backoffice he desactivado y he vuelto a activar las URL amigables para que me genere un nuevo .htaccess pero el problema es que no me aparece en la carpeta al comprobarlo con el FTP pero el problema parece haberse solucionado porque a través de google webmaster tool no me da error el "explorar como google" y me aparece redireccionada y al seguir la redireccion me lleva a la pagina de inicio de mi Web. Lo mismo ocurre al pinchar directamente en el error que se puede ver en una de las imágenes o con el acceso directo a través de la barra de direcciones.

Agradecería cualquier ayuda al respecto de lo que he hecho, si esta bien o no esta bien y las consecuencias... espero que esto le sirva a otros usuarios de gran ayuda.