Es bastante probable que la concurrencia como tu mismo planteas bloquee el acceso al archivo.
¿Solución?
No uses file_get_contents() todo el tiempo, usa un sistema de caché basado en memoria como APC o Memcached, así lees el archivo la primera vez y lo almacenas ahí, y las siguientes veces lo leerás de ahí y no del archivo, etc.
El hecho es que la concurrencia no se lleva bien con los lenguajes que son
blocking como PHP, una caso de éxito sería NodeJS, que al ser
non-blocking por naturaleza evitan este tipo problemas.