Tu error de sintaxis es por que los datos vacíos los estás colocando con comillas en vez de apostrofes:
Código PHP:
Ver original$sql = "INSERT into tabla(campo1, campo2, campo3, campo4) values('$data[0]','$data[1]', "","")";
$sql = "INSERT into tabla(campo1, campo2, campo3, campo4) values('$data[0]','$data[1]', '','')";
Hay dos formas de insertar, indicando los campos específicos que quieres guardar o bien todos.
imagina una tabla con 10 campos: campo1, campo2.... campo10.
si sólo vas a insertar en algunos campos puedes hacer algo como
insert into mitabla (campo3,campo6) values('$valorX','$valorY')