Duplicado de registros con un inner join

[gnzsoloyo]

Estás confundiendo la relacion de las tablas en el FROM con la condición de la fecha en el WHERE...

Por favor, entiendee que NO SIRVE la query si no le pones la condición que te indicamos:

Código MySQL:

SELECT   
         E.fecha_entrada, 
         E.hora_entrada, 
         e.clave_t_e, 
         s.fecha_salida, 
         s.hora_salida
    FROM entrada e 
         INNER JOIN salida s ON e.clave_t_e = s.clave_t_s
                            AND E.fecha_entrada = s.fecha_salida
ORDER BY E.fecha_entrada, s.fecha_salida, e.clave_t_e;
 

Fijate que la relación NO SE PONE EN EL WHERE, sino en el FROM.
¿Se entiende?
En el WHERE pones la condición para la fecha que necesites:

Código MySQL:

SELECT   
         E.fecha_entrada, 
         E.hora_entrada, 
         e.clave_t_e, 
         s.fecha_salida, 
         s.hora_salida
    FROM entrada e 
         INNER JOIN salida s ON e.clave_t_e = s.clave_t_s
                            AND E.fecha_entrada = s.fecha_salida
WHERE E.fecha_entrada = '2015-11-01'
ORDER BY E.fecha_entrada, s.fecha_salida, e.clave_t_e;
 

En esas condiciones es innecesario compararlos con ambos campos, porque los campos ya están igualados en el FROM. ¿Lo puedes ver?

Bueno, en cuanto a esto:

no habriera manera de que se pueda llamar esos datos solo por la clave_t_e que tenia anteriormente.

NO, no, no, y absolutamente NO.
La clave es INSUFICIENTE para generar el INNER JOIN, porque te genera un PRODUCTO CARTESIANO.
NO SIRVE SOLO LA CLAVE.

¿Está suficientemente claro?

SI no le pones la segunda condición, relacionando las fechas, NO funcionará.