de hecho no hace falta guardar la nueva matriz. splice() devuelve la matriz, con los nuevos elementos, mientras no se refresque la página o se acceda de nuevo a ella
Cita: <input value="genera link" type="button" onclick="arr.aleatorio();" />
<span id="l"></span>
<script>
var arr = ["http://www.google.com", "http://www.bing.com", "http://www.bingo.com", "http://www.bingooooo.com"];
Array.prototype.aleatorio = function() {
var ran = this.splice(Math.floor(Math.random() * this.length), 1);
document.getElementById('l').innerHTML = "<a href=" + ran + " target=blank >" + ran + "</a>";
}
</script>