Dudas insert

[danistrein]

podes hacer lo siguiente, utiliza un campo principal para las materias, y con js agrega automáticamente campos input que estén check, cosa que si quieres sacar a un alumno de una materia simplemente desabilita el input de la materia en dicho alumno.

Todo depende de como quieras jugar con js, no es un tema de php, ahora si los datos no se acumulan en el array debe ser un sintaxis de php, con el código a la vista seria mas fácil darte una solucion.

saludos