problema al subir mas de 100 mil registros desde un archivo plano

[mager3]

esta al mismo nivel, lo tenia en una subcarpeta pero como no me daba lo deje en el mismo nivel y el codigo lo tengo asi;

Código PHP:

$filas=file('planopacientes.txt'); 
foreach($filas as $value){
list($tipo_identificacion, $identificacion_paciente,$primer_apellido,$segundo_apellido,$primer_nombre,$segundo_nombre,$sexo,$telefono,$edad,$unidad_edad,$centro_atencion,$id_medico,$sw_rcv,$sw_hta,$sw_dm,$sw_ppr,$sw_displidemia,$enfer_autoinmune,$enfer_hereditaria_coagulacion,$celular,$email,$activo,$fecha_nacimiento) = explode(",", $value);
 
$consultar_existe=mysql_query("SELECT  identificacion_paciente FROM datos_pacientes WHERE identificacion_paciente='$identificacion_paciente' ");
$contador_existe=mysql_num_rows($consultar_existe);
 
$consulta_anterior=mysql_query("SELECT  identificacion_paciente FROM datos_pacientes WHERE activo=1");
$contador_anterior=mysql_num_rows($consulta_anterior);
 
if(($contador_existe)>0){
    
$actualice_paciente=mysql_query("UPDATE datos_pacientes SET edad='$edad',unidad_edad='$unidad_edad',centro_atencion='$centro_atencion',id_medico='$id_medico',sw_rcv='$sw_rcv',sw_hta='$sw_hta',sw_dm='$sw_dm',sw_ppr='$sw_ppr',sw_displidemia='$sw_displidemia',enfer_autoinmune='$enfer_autoinmune',enfer_hereditaria_coagulacion='$enfer_hereditaria_coagulacion',activo=1,fecha_nacimiento='$fecha_nacimiento'
WHERE identificacion_paciente='$identificacion_paciente'");
 
 
$mensaje="El paciente ya se encontraba en nuestra bd pero fue Actualizado";
}
if(($contador_existe)==0){
    
$insert = mysql_query("INSERT INTO 
datos_pacientes(tipo_identificacion,identificacion_paciente,primer_apellido,segundo_apellido,primer_nombre,segundo_nombre,sexo,telefono,edad,unidad_edad
,centro_atencion,id_medico,sw_rcv,sw_hta,sw_dm,sw_ppr,sw_displidemia,enfer_autoinmune,enfer_hereditaria_coagulacion,celular,email,activo,fecha_nacimiento) VALUES ('$tipo_identificacion','$identificacion_paciente','$primer_apellido','$segundo_apellido','$primer_nombre','$segundo_nombre','$sexo','$telefono','$edad','$unidad_edad','$centro_atencion','$id_medico','$sw_rcv','$sw_hta','$sw_dm','$sw_ppr','$sw_displidemia','$enfer_autoinmune','$enfer_hereditaria_coagulacion','$celular','$email',1,'$fecha_nacimiento')");
    $mensaje="Se ingreso el paciente como nuevo en nuestra base de datos";
}