Lo he resulto con paciencia xD.
Dejo aqui el codigo de la solucion por si algun novato como yo tiene el mismo problema.
Código PHP:
<?php
require('config.php');
mysqli_select_db($conexion,$db_web)or die("Error al seleccioar la DB");
$programas_id = $_GET['id'];
if(isset($_POST['download'])){
extract($_POST);
mysqli_query($conexion,"UPDATE programas SET descargas=descargas+1 WHERE id='$programas_id'")or die(mysqli_error($conexion));
echo "<script>window.location='$url_web/descargas/$programas_link';</script>";
}
?>