Buenas,
Creo que confundes algunos conceptos.
JSP es una tecnologia de presentacion mientras que que JSF es un framework MVC que propone un modelo de componentes graficos sobre el que existen distitans implementaciones (PrimeFaces, Icefaces, etc). Una alternativa a JSF seria Vaading o Spring MVC. Aqui tienes un estudio de la popularidad de cada uno:
http://zeroturnaround.com/rebellabs/...n-gwt-and-jsf/
JSF comprende tecnologias para la vista y el controlador. Antes utilizaba sobre todo JSP como tecnologia de presentacion, aunque ahora recomienda usar facelets (xhtml).
EJB e Hibernate no son alternativas porque no son ni sirven para lo mismo. Una alternativa valida a EJB seria Spring. Hoy en dia se parecen enormemente.
https://www.future-processing.pl/blo...ise-javabeans/
Para arrancar una aplicacion con EJB tendra que utilizar un servidor de aplicaciones que implemente completamente la especificacion Java EE, como JBOSS, Tom EE, WebSphere, Weblogic... Eso quiere decir que una aplicacion con EJBs no funcionara en Tomcat o Jetty.
Hibernate no se suele usar directamente hoy en dia. Lo que se utiliza es la especificacion JPA, que propone una API sobre las que existen diversas implementaciones como la de Hibernate, EclipseLink, OpenJPA...
Yo te recomendaria empezar con JSP/Servlets, que te resultaran mas faciles de entender un un principio. Cuando las aplicaciones que realices sean mas complejas, te resultara mas util utilizar frameworks y tecnologias como JSF, Spring/EJBs JPA, etc.
Un buen libro para empezar:
http://www.amazon.com/Head-First-Ser.../dp/0596516681
Un saludo