Genial, has logrado arreglarlo.
Solo era cambiar esto:
Código:
var texto = prompt("Introduce el mensaje cifrado para descifrarlo (Por ejemplo, AA,EA,DB): ").split(",");
Por esto:
Código:
var texto = prompt("Introduce el mensaje cifrado para descifrarlo: ").toUpperCase().replace(/ /g, ' ').match(/.{1,2}/g);
.
Bien, ya podemos cifrar textos :D