Deberias tener un php que guarde cada archivo y al finalizar escriba algo en javascript que incremente el contador en el html.
Por ejemplo guardar.php?archivo=1 si fueran 50 archivos.
Código PHP:
Ver originalguardarArchivo($_REQUEST["archivo"]);
Código Javascript
:
Ver originalwindow.parent.document.getElementById('divContador').innerHTML = 'Archivo <?= $_REQUEST["archivo"]?> de 50 ';
window.location.href = 'guardar.php?archivo=<?= $_REQUEST["archivo"]++?>';