Hola... Según entiendo, cada dominio que tienes debería tener un espacio de host diferente, osea, como directorios diferentes. En ese caso puedes instalar WordPress en cada uno de esos espacios/dominios y todo marchará OK.
Por otro lado, WordPress Multi Sitio trabaja de la siguiente manera. Tienes un dominio, Ej: tudominio.com, entonces WPMS te creará, en dependencia de cómo lo configures, subdominios Ej: blog.tudominio.com; news.tudominio.com, o subdirectorios Ej: tudominio.com/blog/; tudominio.com/news/ y así...
Por otro lado, puedes tener varias instalaciones que usen la misma base de datos, el asunto está en que cuando instales, a cada una le tienes que poner un prefijo diferente a las tablas. En cambio WPMS usa una sola base de datos para todos los sitios.
En cuanto a eliminar sitios realmente no te puedo decir mucho, no he tenido experiencias trabajando con WPMS, salvo lo básico.
De todas maneras te dejos unos links que te pueden ayudar
http://codex.wordpress.org/Create_A_Network http://codex.wordpress.org/Multisite...Administration
Saludos.