Redirección de dos dominios en el mismo alojamiento

[el_cesar]

Lo que te sucede es por que no has definido el index en el raiz de tu servidor, entonces, según supongo dominiouno.es es el dominio principal, por eso, cuando lo escribes en el navegador te aparecen las dos carpetas dominiouno y dominiodos

tu servidor virtual debe permitirte desde el panel de control asignar a que carpeta debe acceder cada dominio, hazlo por alli, sé que en godaddy se puede hacer así, de hecho así lo hago yo.