Leer archivo grande y manipularlo

[ocp001a]

Es que no necesitas mandar a pantalla el contenido del archivo, te sugiero lo siguiente:

Tomas los id o bien el código identificador de tus proveedores de la base de datos, mediante un ciclo aloja estos datos en un arreglo estructurado más o menos así:

Código PHP:

while($fila=mysqli_fetch_assoc($resultado))
    $arreglo[$fila['id']]=array();//creas un arreglo con los campos llave de tus proveedores.
 

Luego, lees el archivo linea por linea, no necesitas pasarlo a pantalla:

Código PHP:

while(!feof($archivoafip)){//mientras no llegues al fin del archivo
      $linea=fgets($archivoafip, 1024);//tomas una linea
      $linea=explode(';',$linea);//la separas. Puedes hacerlo en un paso con fgetsvc
      if(isset($arreglo[$linea[0]])){//Si existe en tu bd el proveedor, en este caso supuse que el identificador está en el campo 0, pero tú usa el que requieres.
 
         $arreglo[$linea[0]]=array($linea[1],$linea[2],$linea[3]);//tomas los datos que quieres actualizar.
      }
}
 

finalmente, actualizas tu bd con los datos obtenidos en el arreglo.

Código PHP:

foreach($arreglo as $idprov =>$m)
   mysqli_query($con,"UPDATE  mi_tabla set .......");//los datos nuevos estarán dentro de $m