Bueno pues nada en otro foro un chico muy amable me ha dicho lo que tenia que hacer para que no se mostrasen los archivos ya subidos al volver a cargar la pagina, a si que lo pongo aquí (de manera gratuita

) por si alguien tiene el mismo problema que yo y lo quiere solucionar. 
simplemente hay que ir al archivo (main.js) y en la parte inferior del código eliminar esta parte:    
Código Javascript
:
Ver original- else { 
-         // Load existing files: 
-         $('#fileupload').addClass('fileupload-processing'); 
-         $.ajax({ 
-             // Uncomment the following to send cross-domain cookies: 
-             //xhrFields: {withCredentials: true}, 
-             url: $('#fileupload').fileupload('option', 'url'), 
-             dataType: 'json', 
-             context: $('#fileupload')[0] 
-         }).always(function () { 
-             $(this).removeClass('fileupload-processing'); 
-         }).done(function (result) { 
-             $(this).fileupload('option', 'done') 
-                 .call(this, $.Event('done'), {result: result}); 
-         }); 
-     } 
y listo! ahora ya se suben los archivos al servidor, pero si  otro usuario vuelve a conectarse para volver a subir archivos, no ve los archivos subidos por el anterior usuario. 
saludos!