Me autosoluciono. Por si a alguien le sirve aquí dejo el código con cómo lo he echo.
Código PHP:
function sumar() {
var importemo=verificar("importemo");
var importemo2 = parseFloat(importemo).toFixed(2);
var importerecambios=verificar("importerecambios");
var importerecambios2 = parseFloat(importerecambios).toFixed(2);
var importepintura=verificar("importepintura");
var importepintura2 = parseFloat(importepintura).toFixed(2);
var importetotal=verificar("importetotal");
var importetotal2 = parseFloat(importetotal).toFixed(2);
var dtocia=verificar("dtocia");
var dtocia2 = parseFloat(dtocia).toFixed(2);
var baseiva=verificar("baseiva");
var baseiva2 = parseFloat(baseiva).toFixed(2);
var baseimponible=verificar("baseimponible");
var baseimponible2 = parseFloat(baseimponible).toFixed(2);
var iva=("21");
var iva2=("100");
// realizamos la suma de los valores y los ponemos en la casilla del
// formulario que contiene el total
document.getElementById("importetotal").value=(parseFloat(importemo)+parseFloat(importerecambios)+parseFloat(importepintura)-parseFloat(dtocia))*(parseFloat(iva)/parseFloat(iva2))+(parseFloat(importemo)+parseFloat(importerecambios)+parseFloat(importepintura)-parseFloat(dtocia));
Lo que pasaba es que tienes que hacer primero la suma y resta de los valores, multiplicarlo por el IVA y partirlo por cien, y volver a sumarle la operacion.