Si se puede utilizar un while dentro de otro while. Ahora, no sé exactamente para qué quieres hacerlo, no he entendido demasiado lo que pretendes hacer
.
Si te refieres a la tabla, simplemente listas cada uno de los alumno en una fila, y esa fila tendrá varias columnas, la primera el nombre y las otras la puntuación o lo que haga falta.