Entonces deberías montarte un sistema de privilegios.
Imaginemos que tienes 4 módulos (O archivos, lo mismo es)
-app1.php
-app2.php
-app3.php
-app4.php
Por tanto deberías tener en una tabla mysql a qué privilegios tiene acceso cada usuario
Cita: id_usuario | app1 | app2 | app3 | app4
15763, 1, 1, 0, 1
15764, 0, 1, 0, 1
o
Cita: id_usuario | privilegio
15763, app1
15763, app2
15763, app4
15764, app2
15764, app4
Luego simplemente, en cada uno de los archivos, compruebas si ese usuario tiene ese privilegio o no.