Lo Probe pero no me nada lo que hice fue esto no se si este bien
   
Código PHP:
Ver original$archivo = "PHPExcel.xls";
$cnBD = new Conexion();
$query = "SELECT * FROM seg_referencia";
$consulta = $cnBD->prepare($query);
$consulta->execute();
while ($fila = $consulta->fetch(PDO::FETCH_ASSOC)) {
  $y++;
  $objPHPExcel->setActiveSheetIndex(0)
  ->getStyle('A'.$y.':B'.$y)
  ->ApplyFromArray($borde);
  $objPHPExcel->setActiveSheetIndex(0)
  ->setCellValue("A".$y,$fila["seg_referencia_id"])
  ->setCellValue("B".$y,$fila["seg_referencia_descripcion"]);
}
header('Content-Type: application/vnd.ms-excel;charset=utf-8'); header('Content-Disposition: attachment; filename="'.$archivo.'"'); header('Cache-Control: max-age=0'); $objWriter = PHPExcel_IOFactory::createWriter($objPHPExcel,'Excel5');
$objWriter->save('php://output');
  
como se puede ver en mi variable $archivo es quien tiene la extencion