Pues tienes que emplear técnicas de "recursividad" para leer las ramas de directorios que tengas en tu "domino" y de ahí meterse en cada uno -> leer sus archivos .. salir a la rama superior .. leeer y así sucesivamente.
De todo esto tienes ejemplo hechos en los comentarios de los usuarios de las funciones de tratamiento de archivos de PHP.net
Por ejemplo en:
www.php.net/dir www.php.net/readir
(fijate en los comentarios de los usuarios .. )
Un saludo,