Para guardar información en el lado del servidor, utiliza un formulario y el método POST. No deberías tener inconvenientes para hacerlo de esa forma, aunque también tienes que saber que existe un límite de MB por subida que puedes ampliar modificando el archivo de configuración de PHP. Lee más
aquí.
P. D.: El problema que comentas acerca del envío de datos puede deberse a la
fase de captura o al
bubbling. Lee más
aquí.