Como te indican deberías ponerle el mismo nombre a todos los checkbox, luego puedes recorrer mediante un foreach todas las filas a borrar.
No hay problema en utilizar el username como identificador único, pero yo dejaría un ID como clave primaría. Lo único que con la decisión que has tomado deberías comprobar que no existe ningún usuario con dicho username en base de datos antes de crear un usuario nuevo..
Como value de los checkboxes debes poner el id que utilizaras en base de datos para borrar dichas filas.
Para acceder a los datos $_POST[NOMBRE DE LOS CHECKBOXES], de ahí que le pongas a todos el mismo nombre.
Un código de ejemplo:
Código PHP:
Ver original<form action="">
<?php foreach ($usuarios as $usuario => $id): ?>
<?php echo $usuario ?>
<input type="checkbox" name="borrar" value="<?php $id ?>">
<?php endforeach ?>
</form>
Para recibir: