if isset muestra echos sin enviar nada en el form

[pateketrueke]

El problema es que hay dos Imput para subir archivos, si envió uno, al enviar me muestra el resultado de los dos.

Puedes revisar el "name" de dichos input para saber cual es el que se presionó:

Código HTML:

<input name="foo" type="submit">
<input name="bar" type="submit">
 

Código PHP:

var_dump(isset($_POST['foo']), isset($_POST['bar']));
 

Ahora, el "problema" de isset() en el caso que comentas al inicio es muy simple.

isset() comprueba que exista una variable, pero no implica necesariamente que tenga un valor útil o que esperes, etc.

Por eso debes verificar ambas cosas: que exista y que tenga un valor que conoces.

Además tratándose de $_FILES debes verificar si hubo error o no, pues dicho array siempre trae datos, lee el manual: http://php.net/manual/es/features.file-upload.php