Borrado y update de tablas con muchísimas filas

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Buenas, actualmente tengo unas 3 tablas que necesito updatear y de otras borrar, e incluso añadir, todo con un botón de mi web. El problema viene que son un cantidad de registros enromes. Estoy utilizando codeigniter y mysqli y ha llegado al punto en el que codeigniter me mete todas las id a borrar, o updatear en un array de php, sin embargo he superado el límite máximo del array de php. Tengo que realizar estas acciones en 3 o 4 tablas y ya tengo una sola tabla que ocupa 4gb.. No se que técnicas hay para realizar este tipo de actualizaciones masivas en mysqli, si hay alguna cosa que pudiera llegar a optimizar la velocidad o si sería necesario hacerlo por partes, y lanzar las actualizaciones cuando no tenga trafico la bd.
¿ Alguna sugerencia ?