CSS y PHP no son la misma cosa, las rutas físicas que usa PHP no tienen nada que ver con las URL necesarias para cargar archivos CSS.
El que tengas varias carpetas de código PHP no implica que debas modificar las rutas del CSS, y si lo haces entonces algo estás haciendo muy mal.
Lo correcto es usar siempre una URL absoluta para que siempre sea la misma: