Hola:
Depende de lo serio que sea el proyecto.
Lo más habitual es usar un sistema de control de versiones (git, subversion, etc). Estos sistemas de control de versiones te guardan todo el histórico de los fuentes y admiten comentarios que tu escribas para cada cambio, por lo que si se hace bien, queda todo registrado, se pueden comparar versiones para ver exactamente qué líneas han cambiado, recuperar versiones antiguas, etc. Si no los conoces, echa un ojo a cualquier proyecto guardado en github
https://github.com/
Si el proyecto es muy serio y el cliente muy exigente, puede ponerse como comentario en los fuentes la fecha de cada cambio, quién lo ha cambiado y por qué. De todas formas, hasta donde yo sé, esto está muy en desuso porque los sistemas de controles de versiones ya lo hacen.
Se bueno.