Lo primero es que debes enviar los valores de los checkbox como un array (name="id[]"), después en el archivo que haces la consulta debes recorrer dicho array para crear la sentencia sql para que coincida con todos los id seleccionados.
Código PHP:
Ver original$id= $_POST['id'];
foreach ($id as $key => $value) {
if ( $key==0){ $w= ' id='. $value;}
else {$w.=' and id='. $value;}
}