supongo que no funciona porque le falta el punto y coma al echo
Código HTML:
<input type="submit" value="Entrar" id="botones" onclick="buscar3('../usuario/mostrarCerti.php','contenedor');buscarId('../controladores/ctlcertificado.php?cedula=<?php echo $_POST['cedula']; ?>','','Listado','contenedor1')"/> allí debería de funcionar, también podrías usar <?= $_POST['cedula']; ?>