Comunicarse con Windows en algoritmos largos

[Malenko]

Estás seguro de que no se genera algún tipo de bloqueo (ya sea por un bucle que no termina por alguna condición que no se cumple, por threading...)? Porque el mensaje de Windows para matar el proceso indica que es algo del estilo.

Que diferencia, hay entre ambas instancias (aparte del tipo de compilación)? A que te refieres con una instancia más grande? Yo voto porque es un problema de código (un bug) que solo aparece en determinadas situaciones.