Si tipocuota es "sinper" entra en los dos "elseif". Como en ambos se asignan valores a las mismas variables (cargo y mult), solo se quedan los últimos valores asignados.
Una solución es encadenar los ifs así:
Código:
if($cargo=="Medio")
{
//...
}
elseif ($cargo=="Otro")
{
// ...
}
elseif ($tipocuota=="sinper")
{
// ...
}