Es extremadamente simple, con file() cargas el archivo en un array y con foreach() modificas cada linea agregándole el índice como dices, vas acumulando los cambios en un array auxiliar, finalmente con join() recuperas el mismo formato pero ya con los ids.
Código PHP:
Ver original$text = "a
b
c";
foreach ($lines as $k => $v) {
$out []= ($k + 1).",$v";
}