Hola,
este tema es muy hablado.
veras facebook esta construido con mucha programación (java, ajac, jquery etc..) el cual tiene una base de datos muy extensa, entonces si deseas hacer lo que facebook hace seria esto:
En cada registro que tu metras a tu web tienes que agregarle un campo llamada leeido después de esto debes de tener un código (puedes usar un ajax y jquery) que siempre esta corriendo cuando tienes abierto la pagina el cual el cual verificar el campo leeido y cuando ese código detecta que ese campo tiene el valor de 0 (1=leeido, 0 = no leeido) automáticamente recarga un cuadro en este caso un div sin la necesidad de recargar toda la pagina, cuando tu entras y al finalizar le das click a esa notificación, tienes que hacer que cuando entre a verlo modifique esa celda(con ajax, jquery etc..) y cambie el valor a 1 para que se elimine de tus notificaciones.
Pero te vuelvo a decir, todo esto necesitas saber ajax, jQuery, JSON, php y sql
Si quieres meterme mas a fondo este link puede agrandar tu panorama
http://cybmeta.com/ajax-con-json-y-p...lo-paso-a-paso
Como decimos en mexico, ese siemta de notificaciones no es "enchailame otra!"
para la otra se mas especifico!!! estamos para ayudarnos no para que te hagas el victima!
Saludos