Código:
<td><input type="text" placeholder="0.0" id="uno" value="0" onKeyUp="prueba()"></td>
<td><input type="text" placeholder="0.0" id="dos" value="0" onKeyUp="prueba()"></td>
<td><input type="text" placeholder="0.0" id="tres" value="0" onKeyUp="prueba()"></td>
Creo que el problema es que llamas a la función prueba() cada vez que alguien introduce un dato en el input uno y dos
Deberías dejarlo solo en el campo dos, sino cuando introduzcas el primer valor ya no cogerá el segundo:
Código:
<td><input type="text" placeholder="0.0" id="uno" value="0" ></td>
<td><input type="text" placeholder="0.0" id="dos" value="0" onKeyUp="prueba()"></td>
<td><input type="text" placeholder="0.0" id="tres" value="0" ></td>