1. Nunca pero nunca debes modificar los archivos del core de WordPress, si modificas aunque sea un solo archivo quedaras estancado en esa versión de WordPress.
2. WordPress tiene cientos y cientos de hooks para que puedas agregar lo que necesites, en este caso necesitas agregar una opción cuando se crea un sitio, hay 2 hooks que puedes usar:
wpmu_new_blog wpmu_create_blog
Estos hooks se deben agregar mediante Plugins de esta manera podrás seguir actualizando el core de WordPress sin perder los cambios hechos.
Aquí tienes la referencia del API que WordPress ofrece para trabajar con plugins
https://codex.wordpress.org/Plugin_API