PHP? Por que en PHP querrias hacer una tarea tan tediosa? No es mas facil con un FTP?
PHP tiene la posibilidad de enviar y recibir archivos, crear y eliminar carpetas... pero me parece que no se adapta a lo que necesitas...
MIRA ESTO y
ESTO
Lo que hagas con ellos dependerá de tu creatividad, aunque insisto que es mejor un FTP, o una tarea CRON...