Cita: String value = new String("García".getBytes("UTF-8"));
System.out.println("value: " + value.length());
¿Esto qué es?¿Te das cuenta de lo que estás haciendo con ese código? En realidad estás simulando leer un fichero utf8 en el encoding de tu sistema, no solucionándolo.
https://ideone.com/72lMsn
Fíjate, tienes tres casos en el enlace que te he puesto, viendo los resultados podemos llegar a la conclusión de que el encoding del sistema de Ideone es UTF8.
En tu caso si dices que te da 6, significa que tu sistema está en UTF8, lo que no coincide con lo que comentabas anteriormente. Si tu fichero está en UTF8 (puedes comprobarlo fácilmente con algún editor de texto como notepad++) implica que el cliente de linux no lo está leyendo como UTF8, lo que es más raro todavía.
Aclara primero el formato de salida del fichero y luego actúa en consecuencia a la hora de leerlo o que lo lean otros.