Programar en que y con que...

[agleiva]

A ver, algunas aclaraciones:

1 - No existe "C .NET", estarás hablando de C#.
2 - Quien sea que te haya dicho que tus aplicaciones deberían ser desktop, está totalmente equivocado. Y esto te lo dice un amante de las aplicaciones desktop con cierta aversión hacia las aplicaciones web por su paupérrima UX en general. La realidad es que hoy en día la tendencia es exactamente al revés: todas las aplicaciones son preferentemente web a menos que necesiten GUIs complejas (como un editor de video, o un IDE) que no sean posibles de realizar en web manteniendo la experiencia de usuario que te da una aplicación desktop. Para formularios y grillas de datos, si, todo debería ser web.
3 - PHP, a pesar de ser un lenguaje tremendamente popular, es una plataforma PESIMA. Sobre todo si estás aprendiendo, porque PHP te enseña a hacer todo lo que NO tenés que hacer si querés programar bien. Los tutoriales y las librerías de PHP en general (y hasta el propio lenguaje) están escritos por gente que no tiene experiencia, ni estudios, ni un fundamento demasiado sólido de lo que está haciendo, con lo cual son "ciegos guías de ciegos" y todos tarde o temprano caerán en un hoyo. Te conviene meterte y rodearte con gente que tenga fundamentos reales para explicar cómo y por qué se hacen las cosas de la manera que se hacen en el desarrollo de software. Ese tipo de personas suelen estar en las plataformas mas "enterprise" como java y .NET.
4 - Lo que estás buscando es lisa y llanamente HTML + javascript. No existe hoy en día otro lenguaje que te permita correr en todas las plataformas. Con frameworks como Ionic podés hacer que tu app se vea mas o menos "nativa" en varias plataformas (siempre con sus deficiencias)
5 - Windows no es "maldito" y muchísimo menos "rechazado", si consideramos que tiene cerca del 90% del mercado mundial de PCs de escritorio. Mientras que a Ubuntu lo conocés vos, la madre, la tía, y un par de nerds de la universidad parecidos a los de los Simpsons. El resto del mundo jamás ha oído hablar de semejante cosa, ni podría siquiera tomarse la molestia de interesarse. Hacer aplicaciones para Windows es genial ya que .NET es una plataforma excelente y XAML, que es el lenguaje que se usa para la GUI, es infinitamente mejor y más productivo que HTML, ya que está pensado justamente para hacer GUIs basadas en DATOS y no "documentos" pedorros y estáticos como HTML. Dicho esto, la preferencia sigue siendo web por una cuestión de disponibilidad en todas las plataformas y no tanto por la productividad de las herramientas en cuestión. Afortunadamente (o no), existen muchos frameworks de javascript, como Angular, KnockOut, Backbone, etc, que tratan de imitar el soporte para datos de XAML y hacen que HTML sea un poco más tolerable.