Solo podría hacer el si es una tabla aislada, que no se referencia al otras. Cosa poco probable si es una tabla de facturas.
Por otro lado, ¿como es solo que tienes un autoincremental, pero por lo que dices no es el número de factura? Eso no tiene sentido sentido.
Fuera de eso, en las FAQ encontrarás una método de renumerado dinamico que puedes usar, siempre que el campo que afectas no sea la PK:
¿Cómo numerar secuencialmente una consulta, sin usar PK?