Hola Raulovic,
Con URL's amigables debes tener en cuenta que las URL's de los scripts, css's, imágenes y demás, deben ser relativos a la raíz del sitio, algo así, suponiendo que tus hojas de estilos están en www/css/ o public_html/css/:
Código HTML:
Ver original<link href="/css/estiloprincipal.css" rel="stylesheet" type="text/css" /> <link href="/css/menu.css" rel="stylesheet" type="text/css" /> <link href="/css/main.css" rel="stylesheet" type="text/css" />
Por supuesto, lo mismo en las posibles rutas que tengas en los css's o js's y los includes también deben tener rutas absolutas, tipo:
Código PHP:
Ver original<?php include("/home/usuario/public_html/includes/pie.php"); ?>
Espero que te sirva...