Cita:
Iniciado por xerifandtomas 
Pues básicamente tu error te dice No existe el fichero o directorio.
Asegúrate de que las rutas son correctas.
Esta es la ruta (copiada literal del WinSCP) donde quiero copiar el fichero codificado:
/usr/local/WowzaStreamingEngine-4.4.1/content
Tengo permisos completos dados.
Estoy intentando hacerlo diréctamente desde el ffmpeg, no me da error, pero el archivo no aparece en el destino:
exec("ffmpeg -i $uploadfile -s 320*240 /usr/local/WowzaStreamingEngine-4.4.1/content/$nombre.flv 2>&1",$output));