Buenas,
Yo haria algo así
Código PHP:
$array_inicial; //Suponemos que este array es el que tienes tu!
$array_final = array();
foreach($array_inicial as $array_materia) {
$array_final[$array_materia['materia_id']] = array(
"nombre" => $array_materia['materia'],
"parcial".$array_materia['parcial'] => $totalparcial
);
}
echo '<pre>'.print_r($array_final, true).'</pre>';
Con eso, sabrias los parciales (parcial1, parcial2, parcial3), el nombre de la materia, y el ID