@Marthita23 lo que estas haciendo esta marcado en el punto numero 1 de las malas practicas de WordPress.
1. No debes deshabilitar las actualizaciones automáticas a menos que sea estrictamente necesario y no haya otra solución.
2. Para hacer ajustes de diseño a themes, sin perder los cambios al actualizar, WordPress implementa los llamados ChildThemes, en estos ChildThemes se hacen todos los cambios necesarios sin modificar el theme padre, de esta forma al actualizar el theme padre los cambios no se perderán.
Crear un childtheme es tan simple:
1. Crear una carpeta nueva.
2. Crear el archivo styles.css.
3. Copiar los archivos que desea sobre-escribir.
Aqui mas info.
https://codex.wordpress.org/Child_Themes