¿Y por qué ejecutas dichos procesos desde la web?
No tiene sentido, sólo desperdicias recursos y tiempo.
Lo correcto es usar procesos del sistema, como si estuvieras en la linea de comandos: ahí no existen tales restricciones y no dependes de un navegador para invocar la ejecución del script en el servidor, ni tampoco tienes que esperar respuesta alguna, etc.