Tengo un problema en la carpeta usr/www

[joscol]

Tengo un sistema basado en PHP, MySQL, CSS, y otras cosas que hice en mi pc con windows pero cuando lo quise instalar en una maquina ubuntu de mi universidad para explicarlo ya que es un proyecto, no me conectaron los archivos.
Que quiero decir con que no se me conectaron? En la carpeta donde esta el sistema tengo un archivo index.PHP y tengo una carpeta de CSS, y otra con las librerías de conexión y agregar usuarios entre otras mas, para que me haga la conexión con la base de datos tengo que colocar un include de un archivo de conexión dentro de una carpeta, y para que el diseño se pueda ver también tengo que conectar al archivo CSS que esta dentro de otra carpeta, las direcciones están bien porque las revise varias veces, como puedo arreglarlo, el único modo que se me vio el CSS fue que lo sacara de la carpeta y la cambiara la dirección al index.PHP pero no puedo hacer eso con todos los archivos porque son muchos y uso librerías y cosas así.